采用固定价格合同带来的风险。这种合同形式，承包方承担了大部分的风险。业主较喜欢采用固定总价合同，因为在执行合同过程中，承包方索赔机会少，业主承担的风险相对较小，而且工程结算简单。一是价格风险，例如报价计算错误、漏报项目等。二是工程量风险，因做标期时间太短，投标单位无法具体计算工程量，只能凭经验估算，这是投标单位会处于两难境地。算高或算低都要承担相应的风险和亏损。
合同条款标准不明确带来的风险。工程项目由于具有单件性、生产和技术复杂性，决定了工程合同的复杂性。合同中涉及许多标准和细节问题，如工程质量，若在专用条款中对于“约定标准”没有做出明确具体的解释或缺乏可操作性， 承包方很轻易造成拆除重建的返工损失，反过来说， 建设方也可能会造成永久的质量问题，给以后的生产经营造成隐患。
合同条款前后不一致所带来的风险。无论是工程前期的招投标、中间过程中的变更，还是工程的洽商，这些方面的书面协议和文件在合同文件中具有最高效力，而且签署在后的高于签署在前的。假如在整个工程合同的执行过程中，签署文件时出现了前后不一致的现象且不利于自己一方的条款，就会带来额外的损失。
工程作业过程中设计变更带来的风险。在工程作业过程中，由于工程项目的工艺和技术的复杂性， 经常涉及到工作量及其他方面的变更。这些变更必须经工程师的书面同意，否则，承包方擅自变更，即使是合理的也要赔偿损失，且延误工期，更易导致业主的反索赔。
工程款支付约定中的风险。工程价款的支付可分为四个阶段:工程预付款、工程进度款、最终结算款和保留金。在合同实施过程中，工程进度款的支付是甲乙双方矛盾存在的焦点，进度款的拖欠或提前支付都会给双方带来一定的风险。假如此条款不明确，对日后合同的实施，造成经济纠纷和困难。
